Le fort Saint-Jean a été bâti sur un éperon qui ferme l'entrée du Vieux-Port de Marseille, il doit son nom à la commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem (future ordre de Malte) qui si établissent au XIIe siècle. Au XVe siècle, le roi René fait construire l'imposante tour carrée. La tour ronde du Fanal fut élevée en 1664, après quoi, Louis XIV fait ériger par le chevalier de Clerville de 1668 à 1671 le fort et en 1679 Vauban fait creuser un large fossé qui l'isole de la ville. Il sera transformé en canal de jonction entre le Vieux-Port et la Joliette en 1845. Lors de la Révolution française, le fort Saint-Jean faisait office de prison. En 1942, les soldats allemands y entreposent un dépôt de munitions qui explosa à la libération de Marseille en 1944 provoquant la destruction de nombreux bâtiments du fort. Le fort Saint-Jean de Marseille est classé aux Monuments Historiques depuis le 16 juin 1964. Il accueille depuis 2013 le Musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditerranée (Mucem).